1.由于存货初始成本差异的存在，在存货的使用流转环节肯定也存在着会计和税务的差异。但是现行税收政策尚无对该环节差异调整的具体规定，又因综合调整法不符合相关税法规定的配比原则，所以在具体操作过程中只能采取据实调整法进行处理。采取据实调整法时，企业在按会计制度对存货进行核算确定入账成本的同时，还应对存在差异的存货按照计税成本设置备查簿，对发出的存货按照计税成本进行纳税调整。在会计处理的基础上，加上差异额来确定所生产的产成品计税成本（或结转库存商品的计税成本），并以此确定该产品销售成本，使隐含在存货中的计税成本得以实现。

　　例：甲公司2004年向乙公司销售一批产品，增值税专用发票上注明的价款为300万元，增值税税额为51万元。乙公司因故无法按规定偿还债务，经协商，甲公司同意乙公司用产成品300件抵偿该项债务，该批产品的公允价值和计税价格均为300万元，成本为200万元，已于5月12日按规定开具了增值税专用发票，并收到该批货物。甲公司已为应收账款计提了10万元的坏账准备。假如甲公司月初库存有同类产品500件，会计成本和计税成本均为550万元；于 5月20日销售该产品200件，甲公司按加权平均法计算发出货物的成本。

　　（1）甲公司取得货物时：

　　借：库存商品2900000应交税金———应交增值税（进项税额）510000坏账准备100000贷：应收账款3510000.

　　可见，甲公司取得库存商品的会计成本为290万元，计税成本为300万元，差异额=计税成本-会计成本=300-290=10（万元）。

　　（2）甲公司发出货物时：

　　甲公司销售库存商品的会计成本=（290+550）÷（300+500）×200=210（万元）；

　　甲公司销售库存商品的计税成本=（300+550）÷（300+500）×200=212.5（万元）；

　　差异额=计税成本-会计成本=212.5-210=2.5（万元）。

　　因为甲公司计入当期利润的成本为210万元，而相关税法规定应考虑隐藏在库存商品中的收益或损失，按计税成本212.5万元计算销售产品的成本。所以，甲公司在计算当年度的应纳税所得额时应将其差异额2.5万元作调减处理。

　　2.发出存货计价方法的不同形成会计和税务的差异。

　　会计制度规定，存货发出的计价方法可由企业根据自身实际核算要求自行确定，包括后进先出法，无任何限制条件。而相关税法对后进先出法的使用增加了限制条件：如果纳税人正在使用的存货实物流程与后进先出法相一致，也可采用后进先出法确定发出或领用存货的成本，即使用后进先出法确定发出存货的成本，也必须是存货在领用时确实采取的是将后购进的货物先发出的流程。当企业忽视限制条件的存在，使用后进先出法时，就会出现存货发出的会计成本和计税成本的差异。

　　对于存货计价方法的变更，随着国税发[2004]390号文件的执行，会计制度规定和相关税法规定已基本一致，不再存在差异的协调。

　　例：甲公司对存货核算一直采用移动平均法，由于物价持续上涨，决定从2003年1月1日改用后进先出法。2003年1月1日，该企业存货的价值为 300万元，本年度购进4000万元，2003年12月31日按后进先出法计算确定的存货价值为500万元。如按移动平均法计算，存货的价值应为900万元。但企业在生产过程中领用存货时，根本无法区分先进的存货和后进的存货。

　　根据相关税法规定，甲公司不得采用后进先出法核算，对计税成本和会计成本的差异额应进行调整。

　　后进先出法计算的发出存货的会计成本为：300+4000-500=3800（万元）；

　　移动平均法计算的发出存货的计税成本为：300+4000-900=3400（万元）；

       差异额=3800-3400=400（万元）。

　　即甲公司因采用后进先出法造成多计成本400万元，应调增应纳税所得额。