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一、通过自动运行机制查木马
一说到查找木马，许多人马上就会想到通过木马的启动项来寻找“蛛丝马迹”，具体的地方一般有以下几处：
(1)注册表启动项
在“开始/运行”中输入“regedit.exe”打开注册表编辑器，依次展开[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\]和[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\]查看下面所有以Run开头的项，其下是否有新增的和可疑的键值， 也可以通过键值所指向的文件路径来判断，是新安装的软件还是木马程序。另外[HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\classes\exefile\shell\open\command\]键值也可能用来加载木马，比如把键值修改为“X:\windows\system\ABC.exe %1%”。
(2)系统服务
有些木马是通过添加服务项来实现自启动的，大家可以打开注册表编辑器，在[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Runservices]下查找可疑键值，并在[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\]下查看的可疑主键。然后禁用或删除木马添加的服务项：在“运行”中输入“Services.msc”打开服务设置窗口，里面显示了系统中所有的服务项及其状态、启动类型和登录性质等信息。找到木马所启动的服务，双击打开它，把启动类型改为“已禁用”，确定后退出。也可以通过注册表进行修改，依次展开“HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\服务显示名称”键，在右边窗格中找到二进制值“Start”，修改它的数值数，“2”表示自动，“3”表示手动，而“4”表示已禁用。当然最好直接删除整个主键，平时可以通过注册表导出功能，备份这些键值以便随时对照。
(3)开始菜单启动组
现在的木马大多不再通过启动菜单进行随机启动，但是也不可掉以轻心。如果发现在“开始/程序/启动”中有新增的项，可以右击它选择“查找目标”到文件的目录下查看一下，如果文件路径为系统目录就要多加小心了。也可以在注册表中直接查看，它的位置为[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Shell Folders]键名为Startup。
(4)系统INI文件Win.ini和System.ini
系统INI文件Win.ini和System.ini里也是木马喜欢隐蔽的场所。选择“开始/运行”，输入“msconfig”调出系统配置实用程序，检查Win.ini的[Windows]小节下的load和run字段后面有没有什么可疑程序，一般情况下“=”后面是空白的；还有在System.ini的[boot]小节中的Shell=Explorer.exe后面也要进行检查。
(5)批处理文件
如果你使用的是Win9X系统，C盘根目录下“AUTOEXEC.BAT”和WINDOWS目录下的“WinStart.bat”两个批处理文件也要看一下，里面的命令一般由安装的软件自动生成，在系统默认会将它们自动加载。在批处理文件语句前加上“echo off”，启动时就只显示命令的执行结果，而不显示命令的本身；如果再在前面加一个“@”字符就不会出现任何提示，以前的很多木马都通过此方法运行。
二、通过文件对比查木马
新出现的木马主程序成功加载后，会将自身作为线程插入到系统进程中，然后删除系统目录中的病毒文件和病毒在注册表中的启动项，以使反病毒软件和用户难以查觉，然后它会监视用户是否在进行关机和重启等操作，如果有，它就在系统关闭之前重新创建病毒文件和注册表启动项。下面的几招可以让它现出原形(下面均以Win XP系统为例)：
(1)对照备份的常用进程
大家平时可以先备份一份进程列表，以便随时进行对比查找可疑进程。方法如下：开机后在进行其他操作之前即开始备份，这梢苑乐蛊渌绦蚣釉亟獭Ｔ谠诵兄惺淙搿癱md”，然后输入“tasklist /svc >X:\processlist.txt”(提示：不包括引号，参数前要留空格，后面为文件保存路径)回车。这个命令可以显示应用程序和本地或远程系统上运行的相关任务/进程的列表。输入“tasklist /?”可以显示该命令的其它参数。
(2)对照备份的系统DLL文件列表
对于没有独立进程的DLL木马怎么办吗?既然木马打的是DLL文件的主意，我们可以从这些文件下手，一般系统DLL文件都保存在system32文件夹下，我们可以对该目录下的DLL文件名等信息作一个列表，打开命令行窗口，利用CD命令进入system32目录，然后输入“dir *.dll>X:\listdll.txt”敲回车，这样所有的DLL文件名都被记录到listdll.txt文件中。日后如果怀疑有木马侵入，可以再利用上面的方法备份一份文件列表“listdll2.txt”，然后利用“UltraEdit”等文本编辑工具进行对比；或者在命令行窗口进入文件保存目录，输入“fc listdll.txt listdll2.txt”，这样就可以轻松发现那些发生更改和新增的DLL文件，进而判断是否为木马文件。
(3)对照已加载模块
频繁安装软件会使system32目录中的文件发生较大变化，这时可以利用对照已加载模块的方法来缩小查找范围。在“开始/运行”中输入“msinfo32.exe”打开 “系统信息”，展开“软件环境/加载的模块”，然后选择“文件/导出”把它备份成文本文件，需要时再备份一个进行对比即可。
(4)查看可疑端口
所有的木马只要进行连接，接收/发送数据则必然会打开端口，DLL木马也不例外，这里我们使用netstat命令查看开启的端口。我们在命令行窗口中输入“netstat -an”显示出显示所有的连接和侦听端口。Proto是指连接使用的协议名称，Local Address是本地计算机的IP地址和连接正在使用的端口号，Foreign Address是连接该端口的远程计算机的IP地址和端口号，State则是表明TCP连接的状态。Windows XP所带的netstat命令比以前的版本多了一个-O参数，使用这个参数就可以把端口与进程对应起来。输入“netstat /?”可以显示该命令的其它参数。接着我们可以通过分析所打开的端口，将范围缩小到具体的进程上，然后使用进程分析软件，例如卡卡助手和瑞星个人防火墙。